クリニック必見！医療機関・医療法人の税務調査マニュアル

税務調査は、一体何を意味するのでしょうか？これは、各企業や個々の人々が税金を適正に納めているかどうかを税務署がチェックする過程です。ここで驚くべきは、医療クリニックや医療法人も、個人経営であれ法人経営であれ、その範囲内に含まれるということです。

税務調査が始まるとき、通常はあらかじめ通知が届くことが多いです。では、税務署から税務調査の通知が来たら、どう対応すべきでしょうか？

この記事では、医療クリニックにおける税務調査の際に考慮すべき事項や実践的な対策を解説します。

また、すでに税務調査が開始されていて対応に困っている方は、初回の電話相談が無料となっておりますので、どうぞお気軽にご予約ください。お客様の地域に近いオフィスから、お電話にてご連絡いたします。

あなたのクリニックに税務調査が来たら？

税務調査がクリニックに訪れるという事態に直面したら、どのように対処すれば良いのでしょうか？通常、税務調査は以下の流れで進行します。申告内容に疑問が持たれなければ、調査はスムーズに終了します。しかし、何らかの問題が指摘された場合には、修正申告が必要となり、差額の税金を納めることとなります。

1.1 税務署からの事前通知を受け取る

まず1番最初に、税務署から税務調査の通知が電話で入ります。

この時に指定される必要書類リストを確認し、事前に準備を始めましょう。

さらに、税務調査の日程もこの段階で話し合われます。

もし、何らかの事情で日程が合わない場合は、その旨を伝えて調整をお願いすることが可能です。

1.2 実際の調査が開始される

税務調査の日が来ると、調査官がクリニックを訪れ、調査が始まります。

初めに、クリニックや医療機関の現状に関するヒアリングが行われます。患者の層、数、診療内容などを説明できるように準備しておくと良いでしょう。

その後、各種帳簿や領収書、請求書などがチェックされます。

調査期間は大体2日から数日間ですが、調査後も税務署からの質問や指摘に対応する必要がある場合もあります。

1.3 税務署から調査結果の報告を受け取る

税務調査の結果は、通常1ヶ月ほどで出されます。

調査が終了すると、税務署からその結果について報告が行われます。

申告内容に問題が無かった場合、特に追加の対応は必要ありません。

しかし、何らかの問題が税務署から指摘された場合、修正申告書を作成し、足りない税金を納める必要があります。

どのクリニックがターゲットになりやすいのか？

税務調査は、私たち全ての納税者が見逃せない、必ず通る道です。そして、あなたが運営するクリニックや医療機関も例外ではありません。しかし、ある特定の状況では、あなたのクリニックや医療機関がより高い確率で税務調査の対象になる可能性があります。

今回は、そんな「税務調査が頻繁に訪れる」クリニックや医療機関について、そのポイントを解説していきます。

2.1 税務調査の目星：開業3~4年目のクリニック

クリニックが開業直後の頃は、設備投資や集客費用が多く、利益を大きく伸ばすのは困難かもしれません。しかし、開業から3、4年が経過すると、地域での認知度が増し、患者数も増えてくるでしょう。また、開業から2年間は消費税の納税が免除されることが多いですが、3年目以降は課税事業者となる可能性が出てきます。

これらの理由から、開業3~4年目のクリニックは、税務調査の可能性が特に高くなります。

2.2 税務調査の対象再び：久しぶりに訪れる税務調査

税務調査を一度受けたからといって、もう二度と訪れることはない、と安心してはいけません。あくまで調査は一時的なもので、納税義務を果たす限り、再度対象となる可能性があります。特に、前回の税務調査から相当な時間が経過しているクリニックや医療機関は、再度調査の対象となる可能性が高いです。

2.3 確定申告の疑惑：問題が指摘された場合

大きな経費を計上しているクリニックや連続して赤字が出ている医療機関、売上を毎年900万円台で申告している医療法人などは、申告内容に問題があると税務署から指摘される可能性が高まります。

赤字が続くと、事業の継続が難しくなるはずです。しかし、数年間にわたって赤字の申告を続けている場合、税務調査によって事業の実態が調査される可能性が高まります。また、他の類似業者と比べて明らかに高額な経費を計上している場合、個人的な支出を経費に含めている疑念が生まれます。

以上が、税務調査がよく訪れるクリニックの典型的な状況です。もし、あなたのクリニックがこれらの状況に当てはまり、税務調査に関して専門家の意見を聞きたいと思ったら、初回の電話相談は無料ですので、ぜひご利用ください。

税務調査の際、クリニックにおける注目点

税務調査という“脅威”の前に、クリニックが陥りがちなポイントを紐解いていきましょう。以下に、税務調査の際によく指摘される項目を明らかにします。

3.1 自由診療（自費診療）の記録、大丈夫？

保険診療の収入は保険点数表から逐一確認できますが、自由診療の領域では申告のミスや見落としが生じやすいと言えます。クリニックでは現金取引が頻繁に行われるため、自由診療における収入計上の漏れが出やすい。このような背景から、税務調査では自由診療に対する厳しい目が向けられます。

3.2 自賠責保険診療の収入、全て申告していますか？

自賠責保険診療の収入は、患者から直接支払いを受けるわけではなく、治療が完了した時点で損害保険会社から支払われます。入金先を自由に指定することができるため、クリニックで自賠責保険診療の収入を別口座に隠してしまうケースがあるのです。これが税務調査ではしっかりと問われる重要なポイントとなります。

3.3 売上の計上、タイミングは合っていますか？

売上は、診療を行った日に計上するのが原則です。例えば、クレジットカードでの支払いであっても、実際の入金日ではなく診療日を売上の計上日とするべきです。

さらに、休日や夜間診療の報酬、行政からの検診による収入なども、未収金処理を適切に行っておくことが重要となります。

3.4 医薬品や医療材料の在庫、適正に計上できていますか？

クリニックでは、使用する医薬品や医療材料の架空発注や、水増しといった不適切な計上が見つかることがあります。在庫の管理、特に棚卸資産の正確な計上は、税務調査で重要な視点となります。安心できるクリニック運営のためにも、きちんと確認しておきましょう。

医療機関・医療法人の税務調査への対策は専門家への相談がカギ

税務調査はまさに氷山の一角。細かい帳簿のチェックや売上、経費計上の指摘が待ち構えています。日々忙しく診療に尽力する中で、これらの準備を進めるのは決して楽な作業ではありません。

さらに調査の当日は、税務調査官から専門用語を交えた質問攻めに耐えなければならないこともあります。適切な回答ができないと、不正行為を疑われる可能性も出てきます。

こうした税務調査への対応では、事前準備が重要となります。信頼性の高い税理士へ相談を持ち掛けることで、準備から当日の対応まで、専門的なアドバイスを得ることができます。税務調査官からの質問や指摘に対しても、税理士がすぐに対応してくれるため、心的ストレスも軽減できるでしょう。

まとめ

今回、税務調査が頻繁に行われるクリニックや医療機関について、そして、税務調査でよく指摘される項目などをお伝えしてきました。

「税務調査レスキュー110番」は、経験豊富な国税OBも所属するプロのチームです。医療機関への税務調査の経験が豊富で、クリニックや医療機関特有の税務調査対応にも詳しいです。

もし、税務調査の通知を受けた、または税務調査に不安を感じている方がいましたら、ぜひ、クリニックや医療機関専門の税務調査レスキュー110番にご相談ください。初回の相談は無料となっています。我々は皆さまの税務調査に関する悩み解消をお手伝いします。